Flödescytometri – en snabb metod för att studera bakterier i vatten

Flödescytometri ger nya möjligheter att snabbt studera och följa alla bakterier i vattnet, genom vattenverk och i ledningsnät.

För att undersöka mikrobiologin i vatten använts ofta metoder som går ut på att odla bakterier på odlingsplattor och räkna bakterierna som växt upp. Metoden kräver en inkuberingstid från ett till sju dygn beroende på vilka bakterier man vill räkna. Dessa odlingsbaserade metoder har använts i över hundra år och är dels tidskrävande och endast ett fåtal bakterier i vattnet kan studeras.

Om projektet

I detta projekt appliceras en modern DNA-baserad teknik, flödescytometri där man istället undersöker hela bakteriefloran till skillnad från ett fåtal och får resultat inom en timme.  Metoden går ut på att man färgar in bakteriernas DNA med en färg och lyser på dem med en laser, då kan man dels räkna alla bakterier men också få ett ”fingeravtryck” av hur ens vatten ser ut. Fingeravtrycket varierar beroende på sammansättning av bakteriefloran, eftersom olika typ av bakterier har varierande mängd DNA, och på så sätt kan man börja jämföra bakterieflorans sammansättning i olika vattenprov.

Metoden öppnar upp ett nytt sätt och möjligheter för att studera och följa alla bakterier i vattnet, genom vattenverk och i ledningsnät. Detta projekt kommer att fraktionera ut olika delar av fingeravtrycket och titta mer specifikt på vilka typer av bakterier som finns i de olika delarna med hjälp av DNA-sekvensering. Målet är att få en djupare förståelse över metoden samt evaluera den.

• Vilka olika typer av bakterier döljer sig i de olika fraktionerna av fingeravtrycket?
• Är en viss typ av fingeravtryck mer fördelaktig i form av mikrobiell risk än andra?

Partners i projektet